Non sempre l'emissione di una nota di credito è sufficiente per eliminare una fattura. Visto che il regime forfettario è un regime di cassa dipende se la fattura da annullare è stata pagata o meno.  Possiamo avere alcune situazioni:

La fattura da annullare non è stata incassata: 

In questo caso la semplice emissione della nota di credito è sufficiente, visto che la fattura da annullare non è stata data per incassata sull'app

La fattura da annullare è stata incassata: 

In questo caso la semplice emissione della nota di credito non basta. Bisogna anche compensare il pagamento effettuato.
Ipotizziamo che la fattura da annullare sia di 800 euro. Incassando la fattura i ricavi sono aumentati di 800 euro e di conseguenza anche le tasse e i contributi da versare. Per "annullare" questo effetto bisognerà incassare anche la nota di credito emessa per 800 euro. Questo incasso, visto che si tratta di nota di credito, sarà considerato dal sistema come "incasso negativo" che andrà a compensare l'incasso della fattura.
Peraltro se la fattura è stata incassata ci sarà stato un movimento di denaro dal tuo cliente a te. Visto che la fattura è stata annullata dovrai restituire l'importo al tuo cliente (per esempio un bonifico). Tale movimento sarà da inserire nell'incasso della nota di credito.

La fattura incassata, ma da riemettere perché formalmente errata.

Un caso frequente che capita è che il cliente che riceve la fattura la paghi ma poi chieda una correzione perché per esempio la descrizione della prestazione non come convenuto o perché il numero o la data è sbagliata ecc. In questo caso se non è più possibile correggere la fattura (es perché inviata elettronicamente allo SDI) l'unico modo è quello di emettere una nota di credito e poi riemettere la fattura. Cosi facendo si avranno due fatture e una nota di credito. Per evitare duplicazioni di incasso dovrà risultare incassata solo la ultima fattura, mentre la prima (quella errata) e la nota di credito non dovranno risultare incassate.

Per esempio

Fattura n° 11 (errata)     - non deve risultare incassata
Nota di credito n°12     - non vede risultare incassata

Fattura n°13 (corretta)  - deve risultare incassata

Nel caso avessi già incassato la n° 11, cancello il pagamento e lo imputo alla fattura 13.